苹果为深根性树种.根系庞大，应不断做好深翻改土工作。果园深翻可使土壤疏松.土层深厚;能改善土坡通气和透水性能，必须认真做好。;能调节土沮.促进徽生物活动.从而达到改良土坡结构和理化性状，为苹果根系创造良好生长条件。对土层厚度不足50cm以下为岩石或硬土的舟薄山地或30-40cm以下为不透水的钻土层的沙地，以及泥、沙交互成层的河滩地，深翻改土效果更为明显。
苹果深翻最好在秋季果实采收前后结合基肥施用同时进行，这时土坡温度高，根系生长仍较快，伤根易愈合，也有利土壤水分的保持。如秋季劳力较紧，也可在早春土壤解冻后及早进行，此时地上部分仍处于休眠状态，根系刚开始活动，伤根易愈合。
深翻深度及方法可根据土坡质地、根系分布等情况而定。苹果幼树多用扩穴深翻，成年树一般采用隔行深翻，山地果园用半环状深翻，梯田果园可用隔株深翻.密植园可结合基肥进行全园深翻。深翻深度为60-80cm。
苹果除3-4年进行1次深翻外，每年均应深耕1次，秋季落叶后在果树株行间进行耕犁，深度一般20cm左右;山地果园无法耕犁，可以人工刨园。耕后不必耙籍，保持地面粗糙，有利拦蓄雨雪.消灭越冬害虫和多年生杂草。也可在春季土壤解冻后进行。
中耕除草从春季开始至果实采收前结束，每年3-5次，深度一般10cm左右，以减少杂草对土壤水分、养分的消耗，切断土壤毛细管，防止土壤水分蒸发。灌溉后、雨后更应及时中耕松土以利保墒。无灌溉条件的果园，在树盘下用杂草、绿肥、枯秆等极盖，厚6-10cm，也有保墒、降温、抑制杂草的作用。近年各地使用除草剂，可清除杂草，降低成本，能起到中耕除草的作用。
此外，合理间作，种植绿肥.以做到“以园养园”、“以短养长”均属苹果园土壤管理的必要措施。
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